Hexa GO! is een logisch puzzelspel waarin de speler zeshoekige tegels moet sorteren en verwijderen van straatstenen die zijn gerangschikt in roosters van verschillende vormen en groottes. Het belangrijkste doel van de speler is om elk level van het spel vrij te spelen.
Elk rooster bevat twee of meer tegels die zijn gemarkeerd met witte richtingspijlen. Als de speler een niet-geblokkeerde tegel selecteert, draait het spel de tegel automatisch in de richting van de pijl langs een recht pad totdat de tegel door een gat in het patroon of van een van de randen valt.
Na verloop van tijd onthult de speler verborgen functies, zoals een hamer waarmee een tegel kan worden verwijderd, een bom die een explosieve kracht veroorzaakt waardoor tegels van het raster worden geslagen, een dubbelpijl waarmee een tegel naar links of rechts kan draaien en een groene wisseltang waarmee de posities van aangrenzende tegels kunnen worden gewijzigd. Het spel beperkt de zetten of de tijd van de speler. Bij zetten telt elke selectie mee voor het totale aantal, ook als de speler per ongeluk een geblokkeerde tegel selecteert of een speciale functie gebruikt.
Hexa GO! ontgrendelt leuke zijspellen als de speler niveau 15, 50 en 75 bereikt. De speler kan bijvoorbeeld een toernooimodus spelen waarin elke overwinning meetelt voor het klassement. Ze krijgen ook toegang tot een verfspel waarmee ze de tegels die ze aan het eind van elk level winnen, kunnen gebruiken om afbeeldingen op ingelijste doeken te schilderen.